不過這些年的也暴露出了焚燒爐的一些問題，較為突出的就是焚燒爐的失火等安全性問題，為了防止以上事故的發生，在進行設計時就必須將安全做重點考慮。

目前主要的解決方法有：嚴格控制RTO焚燒爐進口有機物的濃度，使其控制在一個安全的水平，這是保障安全性的一個根本措施。了解客戶那邊有機廢氣的排放特點及可能存在的突發因素。在廢氣入口及支路入口安裝濃度監測儀；對于那些高濃度的廢氣，RTO入口出需要加稀釋風閥以及阻火器；廢氣入口處需要增加緩沖罐，體積設計需要符合實情，緩沖罐旁還需加設泄爆片；并且在監測儀，風閥等設備之間需要建立連鎖控制，以便對于突發情況能夠技術做出正確反應。設備附近也需安裝消防設施。